Δεδομένων των δυσχερειών που συνάντησαν τα κράτη μέλη κατά την εκτέλεση και τη διαχείριση των δράσεων διασυνοριακής συνεργασίας, το νέο νομοθετικό πλαίσιο των διαρθρωτικών ταμείων [βλ. το τμήμα 12.1.2] προβλέπει τη δημιουργία μέσου συνεργασίας σε ευρωπαϊκό επίπεδο, το οποίο θα καθιστά εφικτή τη σύσταση «ευρωπαϊκών ομίλων εδαφικής συνεργασίας» (ΕΟΕΣ) [Κανονισμός 1082/2006]. Ένας ΕΟΕΣ είναι ένα μέσο προαιρετικής συνεργασίας σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Ο ΕΟΕΣ αποσκοπεί στη διευκόλυνση και στην προαγωγή της διασυνοριακής, διακρατικής ή/και διαπεριφερειακής συνεργασίας με αποκλειστικό στόχο την ενίσχυση της οικονομικής και κοινωνικής συνοχής. Ο ΕΟΕΣ αποτελείται από μέλη, τα οποία εμπίπτουν σε μια ή περισσότερες από τις ακόλουθες κατηγορίες: (α) κράτη μέλη· (β) περιφερειακές αρχές· (γ) τοπικές αρχές· και (δ) οργανισμοί δημοσίου δικαίου. Η απόφαση για την ίδρυση ΕΟΕΣ λαμβάνεται με πρωτοβουλία των προτιθεμένων μελών του. Ο ΕΟΕΣ ενεργεί εξ ονόματος των μελών του, ιδίως των περιφερειακών και των τοπικών αρχών που τον συγκροτούν.
Ο ΕΟΕΣ εκτελεί τα καθήκοντα που του αναθέτουν τα μέλη του σύμφωνα με τον κανονισμό 1082/2006. Τα καθήκοντά του ορίζονται από τη σύμβαση που συμφωνείται από τα μέλη του, αλλά περιορίζονται στη διευκόλυνση και στην προαγωγή της εδαφικής συνεργασίας για την ενίσχυση της οικονομικής και κοινωνικής συνοχής. Ειδικότερα, τα καθήκοντα του ΕΟΕΣ περιορίζονται πρωτίστως στην εφαρμογή προγραμμάτων ή έργων εδαφικής συνεργασίας που συγχρηματοδοτούνται από την Ένωση μέσω του Ευρωπαϊκού Ταμείου Περιφερειακής Ανάπτυξης, του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου ή/και του Ταμείου Συνοχής. Όμως, ο ΕΟΕΣ μπορεί να ασχολείται και με την υλοποίηση προγραμμάτων εδαφικής συνεργασίας που πραγματοποιούνται με αποκλειστική πρωτοβουλία των κρατών μελών και των περιφερειακών και τοπικών αρχών τους, με ή χωρίς οικονομική συνεισφορά της Ένωσης.
Ένα από τα καθήκοντα του Ευρωπαϊκού Ταμείου Περιφερειακής Ανάπτυξης είναι η προώθηση της Ευρωπαϊκής εδαφικής συνεργασίας, με συνδρομή ιδίως [Κανονισμός 1080/2006]:
1. στην ανάπτυξη διασυνοριακών οικονομικών, κοινωνικών και περιβαλλοντικών δραστηριοτήτων μέσω κοινών στρατηγικών για τη βιώσιμη εδαφική ανάπτυξη·
2. στη σύσταση και ανάπτυξη διακρατικής συνεργασίας, συμπεριλαμβανομένης της διμερούς συνεργασίας μεταξύ θαλάσσιων περιφερειών που δεν εμπίπτουν στο σημείο 1, μέσω της χρηματοδότησης δικτύων και δράσεων που συμβάλλουν στην ολοκληρωμένη εδαφική ανάπτυξη· και
3. στην ενίσχυση της αποτελεσματικότητας της περιφερειακής πολιτικής με την προαγωγή: (α) διαπεριφερειακής συνεργασίας εστιαζόμενης στην καινοτομία και την οικονομία της γνώσης και στο περιβάλλον και την πρόληψη κινδύνων· (β) ανταλλαγής εμπειριών όσον αφορά τον εντοπισμό, τη μεταφορά και τη διάδοση βέλτιστων πρακτικών, μεταξύ άλλων, για τη βιώσιμη αστική ανάπτυξη· και (γ) δράσεων που περιλαμβάνουν μελέτες, συλλογή δεδομένων καθώς και παρακολούθηση και ανάλυση των αναπτυξιακών τάσεων στην ΕΕ.
Μια οδηγία επιδιώκει τον προσδιορισμό και τον χαρακτηρισμό των ευρωπαϊκών υποδομών ζωτικής σημασίας, απαραίτητων για τη διατήρηση ζωτικών κοινωνικών λειτουργιών σε τουλάχιστον δύο κράτη μέλη, και την αξιολόγηση της ανάγκης βελτίωσης της προστασίας τους, πρωταρχικά από τρομοκρατικές απειλές, αλλά επίσης και από ανθρωπογενείς και φυσικές καταστροφές [Οδηγία 2008/114].