Η επίτευξη των στόχων των Ταμείων επιδιώκεται στα πλαίσια ενός συστήματος πολυετούς προγραμματισμού οργανωμένο σε στάδια τα οποία περιλαμβάνουν τον προσδιορισμό των προτεραιοτήτων, τη χρηματοδότηση και σύστημα διαχείρισης και ελέγχου [Κανονισμός 1083/2006. Το Συμβούλιο θεσπίζει, στο επίπεδο της Ένωσης, συνοπτικές στρατηγικές κατευθυντήριες γραμμές για την οικονομική, κοινωνική και εδαφική συνοχή με τις οποίες καθορίζεται ενδεικτικό πλαίσιο για την παρέμβαση των Ταμείων, συνεκτιμώντας άλλες συναφείς κοινές πολιτικές. Για καθέναν από τους στόχους των Ταμείων, οι κατευθυντήριες αυτές γραμμές αποτελούν ιδίως την έκφραση των προτεραιοτήτων της Ένωσης με στόχο την προώθηση της εναρμονισμένης, ισόρροπης, και βιώσιμης ανάπτυξης της. Τα κράτη μέλη υποβάλλουν εθνικό στρατηγικό πλαίσιο αναφοράς, το οποίο εξασφαλίζει ότι η συνδρομή από τα Ταμεία συμβαδίζει με τις ευρωπαϊκές στρατηγικές κατευθυντήριες γραμμές για τη συνοχή. Κάθε εθνικό στρατηγικό πλαίσιο αναφοράς αποτελεί μέσο αναφοράς για την εκπόνηση του προγραμματισμού των Ταμείων για την περίοδο 2007-2013. Ένα κράτος μέλος μπορεί να υποβάλλει ταυτόχρονα το εθνικό στρατηγικό πλαίσιο αναφοράς και τα επιχειρησιακά προγράμματα.
Το εθνικό στρατηγικό πλαίσιο αναφοράς εκπονείται από το κράτος μέλος στο πλαίσιο μιας εταιρικής σχέσης, δηλαδή στενής συνεργασίας με την Επιτροπή και με τις αρχές και τους φορείς όπως: (α) τις αρμόδιες περιφερειακές και τοπικές αρχές, τις αρχές αστικών περιοχών και άλλες δημόσιες αρχές· (β) τους οικονομικούς και κοινωνικούς εταίρους· (γ) οποιοδήποτε άλλο κατάλληλο φορέα που εκπροσωπεί την κοινωνία των πολιτών ή μη κυβερνητικές οργανώσεις. Η εταιρική σχέση καλύπτει την εκπόνηση, την υλοποίηση, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση των επιχειρησιακών προγραμμάτων. Η υλοποίηση των επιχειρησιακών προγραμμάτων αποτελεί ευθύνη των κρατών μελών στο ενδεικνυόμενο εδαφικό επίπεδο, σύμφωνα με το ιδιαίτερο θεσμικό σύστημα που ισχύει σε κάθε κράτος μέλος. Η υλοποίηση των επιχειρησιακών προγραμμάτων αποτελεί ευθύνη των κρατών μελών στο ενδεικνυόμενο εδαφικό επίπεδο, σύμφωνα με το ιδιαίτερο θεσμικό σύστημα που ισχύει σε κάθε κράτος μέλος. Όμως, ο προϋπολογισμός της Ευρωπαϊκής Ένωσης που αφορά τα Ταμεία εκτελείται στα πλαίσια της επιμερισμένης διαχείρισης μεταξύ των κρατών μελών και της Επιτροπής, σύμφωνα με τον δημοσιονομικό κανονισμό που εφαρμόζεται στον γενικό προϋπολογισμό της Ένωσης [Κανονισμός 1605/2002, βλ. το τμήμα 3.4]. Σύμφωνα με τις αντίστοιχες αρμοδιότητές τους, η Επιτροπή και τα κράτη μέλη εξασφαλίζουν το συντονισμό μεταξύ της συνδρομής των διαφόρων Ταμείων, του ΕΓΤΑΑ, του EΤΑ και των παρεμβάσεων της ΕΤΕπ και άλλων υφιστάμενων χρηματοδοτικών μέσων.
Σύμφωνα με την αρχή της προσθετικότητας, οι συνεισφορές των διαρθρωτικών ταμείων δεν αντικαθιστούν τις δημόσιες ή ισοδύναμες διαρθρωτικές δαπάνες των κρατών μελών. Αυτή η αρχή σημαίνει ότι τα Ταμεία παρέχουν συνδρομή η οποία συμπληρώνει τις εθνικές δράσεις, συμπεριλαμβανομένων των δράσεων σε περιφερειακό και τοπικό επίπεδο, ενσωματώνοντας τις προτεραιότητες της Ένωσης στις εν λόγω δράσεις. Ειδικότερα, η συγχρηματοδοτούμενη από τα Ταμεία συνδρομή στοχεύει την προαγωγή της ανταγωνιστικότητας και τη δημιουργία θέσεων απασχόλησης, καθώς και την επίτευξη των στόχων των Ολοκληρωμένων Κατευθυντήριων Γραμμών για την Ανάπτυξη και την Απασχόληση (2005 έως 2008) [Απόφαση 2005/600 και απόφαση 2007/491]. Για το σκοπό αυτόν, η Επιτροπή και τα κράτη μέλη εξασφαλίζουν, σύμφωνα με τις αντίστοιχες αρμοδιότητές τους, ότι το 60% των δαπανών για το στόχο "Σύγκλιση" και 75% των δαπανών για τον στόχο «Περιφερειακή ανταγωνιστικότητα και απασχόληση» για τα κράτη μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης με τη σύνθεσή της πριν από την 1η Μαΐου 2004 διατίθενται γι' αυτές τις προτεραιότητες. Τα κράτη μέλη που προσχώρησαν στην Ευρωπαϊκή Ένωση το 2004 ή αργότερα μπορούν να αποφασίσουν να εφαρμόσουν τις εν λόγω διατάξεις.
Οι δραστηριότητες των Ταμείων στα κράτη μέλη λαμβάνουν τη μορφή επιχειρησιακών προγραμμάτων στα πλαίσια του εθνικού στρατηγικού πλαισίου αναφοράς. Επιχειρησιακό πρόγραμμα είναι το έγγραφο το οποίο υποβάλλεται από το κράτος μέλος και εγκρίνεται από την Επιτροπή και το οποίο καθορίζει μια αναπτυξιακή στρατηγική με τη χρήση ενός συνεκτικού συνόλου προτεραιοτήτων, που θα επιτευχθεί με τη συνδρομή ενός Ταμείου ή, στην περίπτωση του στόχου "Σύγκλιση", με τη συνδρομή του Ταμείου Συνοχής και του ΕΤΠΑ. Κάθε επιχειρησιακό πρόγραμμα καλύπτει περίοδο μεταξύ της 1ης Ιανουαρίου 2007 και της 31ης Δεκεμβρίου 2013. Κάθε επιχειρησιακό πρόγραμμα καλύπτει μόνον έναν από τους τρεις προαναφερθέντες στόχους [βλ. το τμήμα 12.3.1], εκτός εάν υπάρξει διαφορετική συμφωνία μεταξύ της Επιτροπής και του κράτους μέλους. Η Επιτροπή αξιολογεί το προτεινόμενο επιχειρησιακό πρόγραμμα προκειμένου να καθορίσει κατά πόσον συμβάλλει στην επίτευξη των στόχων και των προτεραιοτήτων του εθνικού στρατηγικού πλαισίου αναφοράς και στις ευρωπαϊκές στρατηγικές κατευθυντήριες γραμμές για τη συνοχή.
Τα επιχειρησιακά προγράμματα που υποβάλλονται στα πλαίσια του στόχου «Σύγκλιση» εκπονούνται για το κατάλληλο γεωγραφικό επίπεδο και τουλάχιστον σε επίπεδο NUTS 2 [βλ. το τμήμα 12.1.1], εκτός εάν υπάρχει συνεισφορά του Ταμείου Συνοχής, οπότε εκπονούνται σε εθνικό επίπεδο. Τα επιχειρησιακά προγράμματα που υποβάλλονται στα πλαίσια του στόχου «Περιφερειακή ανταγωνιστικότητα και απασχόληση» εκπονούνται σε επίπεδο NUTS 1 ή σε επίπεδο NUTS 2, σύμφωνα με το ιδιαίτερο θεσμικό σύστημα του κράτους μέλους, για τις περιφέρειες που λαμβάνουν χρηματοδότηση από το ΕΤΠΑ. Εάν χρηματοδοτούνται από το ΕΚΤ, εκπονούνται από το κράτος μέλος στο κατάλληλο επίπεδο. Τα επιχειρησιακά προγράμματα που υποβάλλονται στα πλαίσια του στόχου «Ευρωπαϊκή εδαφική συνεργασία» για διασυνοριακή συνεργασία εκπονούνται, κατά γενικό κανόνα, για κάθε σύνορο ή ομάδα συνόρων από μια κατάλληλη ομάδα σε NUTS επίπεδο 3 συμπεριλαμβανομένων των θυλάκων. Όμως, τα προγράμματα διαπεριφερειακής συνεργασίας και ανταλλαγής εμπειρίας πρέπει να αφορούν ολόκληρο το έδαφος της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Στο πλαίσιο ενός επιχειρησιακού προγράμματος, τα διαρθρωτικά ταμεία μπορούν να χρηματοδοτούν δαπάνες για πράξη που περιλαμβάνει συνεισφορές προς υποστήριξη μέσων χρηματοοικονομικής τεχνικής για επιχειρήσεις, κυρίως μικρομεσαίες, όπως ταμεία επιχειρηματικών κεφαλαίων, ταμεία εγγυήσεων και δανειοδοτήσεων, και για ταμεία αστικής ανάπτυξης, δηλαδή ταμεία που επενδύουν σε συμπράξεις μεταξύ του δημόσιου και του ιδιωτικού τομέα και άλλα έργα που περιλαμβάνονται σε ολοκληρωμένο σχέδιο για τη βιώσιμη αστική ανάπτυξη. Το κράτος μέλος ή η διαχειριστική αρχή μπορεί να αναθέτει τη διαχείριση και την υλοποίηση μέρους επιχειρησιακού προγράμματος, ως συνολική επιχορήγηση, σε έναν ή περισσότερους ενδιάμεσους φορείς που ορίζονται από το κράτος μέλος ή τη διαχειριστική αρχή, συμπεριλαμβανομένων των τοπικών αρχών, των περιφερειακών αναπτυξιακών φορέων ή των μη κυβερνητικών οργανώσεων.
Ως μεγάλα έργα θεωρούνται πράξεις οι οποίες περιλαμβάνουν σειρές εργασιών, δραστηριοτήτων ή υπηρεσιών που έχουν ως στόχο να ολοκληρώσουν μια αδιαίρετη εργασία συγκεκριμένης οικονομικής ή τεχνικής φύσης με σαφώς προσδιορισμένους στόχους και με συνολικό κόστος άνω των 25 εκατ. ευρώ στην περίπτωση του περιβάλλοντος και άνω των 50 εκατ. ευρώ σε άλλους τομείς. Πράξη ονομάζεται έργο ή ομάδα έργων που επιλέγονται από τη διαχειριστική αρχή του οικείου επιχειρησιακού προγράμματος ή με ευθύνη της σύμφωνα με κριτήρια που καθορίζονται από την επιτροπή παρακολούθησης και υλοποιούνται από έναν ή περισσότερους δικαιούχους. Δικαιούχος ονομάζεται ο δημόσιος ή ιδιωτικός οργανισμός, φορέας ή επιχείρηση, που είναι υπεύθυνος για την πρόταση ή την πρόταση και την υλοποίηση πράξεων. Ενδιάμεσος φορέας είναι κάθε δημόσιος ή ιδιωτικός φορέας ή υπηρεσία η οποία ενεργεί υπό την ευθύνη διαχειριστικής αρχής ή αρχής πιστοποίησης ή η οποία εκτελεί καθήκοντα για λογαριασμό μιας τέτοιας αρχής σε σχέση με δικαιούχους που υλοποιούν πράξεις. Ως δημόσια δαπάνη θεωρείται κάθε δημόσια συνεισφορά στη χρηματοδότηση πράξεων είτε από τον κρατικό προϋπολογισμό, τον προϋπολογισμό περιφερειακών ή τοπικών αρχών είτε από τον προϋπολογισμό της Ένωσης. Παρατυπία είναι κάθε παράβαση διάταξης του ευρωπαϊκού δικαίου η οποία προκύπτει από πράξη ή παράλειψη οικονομικού φορέα και η οποία ζημιώνει ή ενδέχεται να ζημιώσει το γενικό προϋπολογισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης, με τον καταλογισμό στον προϋπολογισμό αδικαιολόγητης δαπάνης.
