La politique industrielle sectorielle est surtout liée à la politique commerciale. Les mesures de politique commerciale qui ont le plus de conséquences sur des secteurs industriels sont les manipulations du tarif douanier, les contingents tarifaires, les mesures antidumping, les accords commerciaux et diverses incitations à l'exportation. Grâce à l'union douanière, la plupart de ces mesures se trouvent déjà dans les mains des institutions européennes [voir les sections 23.3 et 23.5]. D'autres mesures sectorielles sont les stimulants qu'utilise la puissance publique pour moderniser et orienter l'industrie nationale, telles que les aides directes à certaines industries ou les subventions à certains organismes de recherche, à des centres de documentation et de diffusion des connaissances, à des centres de productivité et à des centres de formation professionnelle. Certaines de ces mesures se trouvent déjà centralisées sur le plan européen. Les autres nécessitent une coordination européenne dans la mesure où elles sont susceptibles de perturber les conditions de concurrence sur le marché unique.
Restent aussi dans les mains des gouvernements les actions sectorielles les plus directes et les plus connues, les aides sous toutes leurs formes: subventions, prêts, bonifications d'intérêt, etc. Les aides d'assainissement de certains secteurs et les aides aux "infant industries" sont des exemples caractéristiques d'actions sectorielles. Leurs principales motivations sont la promotion de l'emploi, le développement régional ou bien le prestige national lorsqu'il s'agit d'importantes entreprises, considérées comme "entreprises drapeaux" [voir la section 15.5.3]. Comme les aides sectorielles et les conditions sous lesquelles elles sont accordées diffèrent beaucoup d'un État à l'autre de l'UE, elles peuvent affecter les échanges entre États membres et fausser ou menacer de fausser la concurrence. L'objectif de la politique industrielle commune doit, donc, être de créer les conditions permettant une meilleure maîtrise de ces aides. De plus, l'efficacité des politiques de l'Union pour promouvoir une plus grande cohésion pourrait être améliorée par une réduction progressive des intensités d'aide dans les régions centrales les plus prospères.
C'est pourquoi les articles 107 et 108 du traité sur le fonctionnement de l'UE (ex-articles 87 et 88 TCE) établissent le contrôle de la Commission sur les aides que les États accordent directement ou indirectement au profit de certaines entreprises ou de certaines productions. Ces aides doivent être notifiées à la Commission, qui a le pouvoir de les autoriser ou de les interdire suivant les critères du traité et du droit dérivé [voir la section 15.5]. Ainsi, bien que le plus puissant instrument de politique industrielle sectorielle se trouve toujours dans les mains des gouvernements, la Commission peut prévenir que ces aides nationales faussent les conditions de concurrence ou vont à l'encontre des objectifs de la politique industrielle de l'UE.
Le meilleur moyen pour prévenir les actions sectorielles isolées des gouvernements, préjudiciables à l'intérêt commun, et restructurer, en même temps, l'industrie européenne, est la politique sectorielle commune. Celle-ci s'est développée dans les secteurs les plus vulnérables sur le plan international, soit parce que leurs marchés sont saturés (sidérurgie, construction navale, textiles), soit parce qu'ils ne sont pas encore bien développés au niveau européen (aéronautique, industries de l'information et de télécommunications). Dans ce qui suit, nous passons en revue la politique européenne dans ces secteurs.
